À retenir
- Un décret du 29 juillet 2026 (n° 2026-705) refond les règles des congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, avec deux dates d’entrée en vigueur : le 1er août 2026 pour le temps partiel thérapeutique, le 1er septembre 2026 pour les arrêts maladie.
- Côté temps partiel thérapeutique dans la fonction publique : plus de périodicité imposée d’un à trois mois, décision de l’administration sous 30 jours maximum, refus obligatoirement motivé, durée toujours plafonnée à un an.
- Côté arrêt de travail : passage obligatoire au formulaire Cerfa sécurisé, prescription initiale plafonnée à 31 jours, prolongation à 62 jours maximum, rémunération de la prolongation maintenue uniquement si elle est prescrite par le même praticien qu’initialement.
- Chaque situation reste individuelle : un avocat en droit du travail et de la sécurité sociale vérifie les délais, les pièces à transmettre et la conformité de la décision de l’administration à votre cas.
Vous êtes agent public, cadre RH d’une administration ou dirigeant d’une structure qui emploie des fonctionnaires, et vous entendez parler de nouvelles règles pour les arrêts de travail et le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique ? Le 11 août 2026, Service-Public.fr a publié une actualité qui synthétise le contenu du décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires.
Je vous propose de faire le point, texte par texte : ce qui change concrètement pour vos arrêts maladie, comment fonctionne le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique, quelles démarches connaître côté agent comme côté employeur public. Toutes les ressources du cabinet en droit du travail restent accessibles depuis la page d’accueil. Chaque situation reste individuelle : cet article donne les repères, pas un pronostic.
I. Fonction publique et arrêts de travail : le contexte des nouvelles règles au 11 août 2026
Le point de départ tient en un texte : le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, publié au Journal officiel, transpose une partie de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 aux agents publics civils et militaires. C’est lui qui refond, pour les trois versants de la fonction publique, les règles applicables aux arrêts maladie et au dispositif du temps partiel thérapeutique. Ce n’est pas une réforme d’ampleur du statut, c’est une mise à jour ciblée de procédures.
A. Ce que l'actualité du 11 août 2026 sur Service-Public.fr précise
La fiche pratique de Service-Public.fr, publiée le 11 août 2026, résume les changements en deux blocs. Le premier concerne le temps partiel thérapeutique, applicable « à partir du 1er août 2026 ». Le second concerne les arrêts maladie, applicables « à partir du 1er septembre 2026 ». La fiche mentionne également un troisième volet, plus lointain : « la préparation à la reprise du travail », qui n’entrera en vigueur qu’« au 1er janvier 2028 » et uniquement dans la fonction publique de l’État et la fonction publique territoriale.
B. Les agents concernés : fonctionnaires titulaires, stagiaires, contractuels
Le décret vise, dans son intitulé, les agents publics civils et militaires. En pratique, cela recouvre :
- les fonctionnaires titulaires des trois versants (fonction publique de l’État, territoriale, hospitalière) ;
- les fonctionnaires stagiaires, sous réserve des règles propres à la période de stage ;
- les agents contractuels de droit public, dont plusieurs droits sont alignés sur ceux des titulaires mais avec des différences réelles, notamment sur les durées de congé rémunéré.
Certaines mesures, en particulier « l’indemnité d’attente » pour les agents en fin de droits maladie, sont réservées à la fonction publique de l’État : la fiche Service-Public.fr le mentionne expressément. Si vous êtes agent territorial ou hospitalier, chaque disposition mérite d’être vérifiée à la lumière de votre versant.
II. L'arrêt de travail dans la fonction publique : comment ça marche
Avant d’attaquer les nouveautés, un rappel utile : dans la fonction publique, un arrêt de travail n’est pas un « arrêt maladie » uniforme. Le Code général de la fonction publique distingue trois régimes selon la gravité et la durée de l’atteinte à la santé de l’agent, et chacun a ses propres conditions de rémunération.
A. Le congé de maladie ordinaire, le congé de longue maladie et le congé de longue durée
Voici les trois dispositifs, avec leurs caractéristiques principales telles qu’elles figurent aujourd’hui sur les fiches pratiques de Service-Public.fr :
- Le congé de maladie ordinaire (CMO) : accordé pour toute maladie qui empêche d’exercer, dans la limite d’un an sur douze mois consécutifs. Les trois premiers mois sont rémunérés à plein traitement, les neuf suivants à demi-traitement.
- Le congé de longue maladie (CLM) : mobilisé pour une maladie invalidante nécessitant un traitement prolongé, dans la limite de trois ans. La première année est rémunérée à plein traitement, les deux suivantes à demi-traitement.
- Le congé de longue durée (CLD) : réservé à une liste limitative de pathologies graves, dans la limite de cinq ans (voire huit ans si la maladie est imputable au service). Le plein traitement peut être maintenu jusqu’à trois ans avant de basculer au demi-traitement.
Ces trois régimes coexistent. Le passage de l’un à l’autre suppose un avis médical, souvent celui du conseil médical, et vous conservez, pendant tout arrêt statutaire, votre affiliation au régime spécial des fonctionnaires.
B. Les démarches obligatoires dans les 48 heures et les pièces à transmettre
Deux règles à distinguer, l’une inchangée, l’autre nouvelle avec le décret.
Le principe existant demeure : l’agent transmet l’arrêt à son administration dans les 48 heures, et il doit joindre le volet destiné à l’employeur. Un envoi tardif ou incomplet peut ouvrir la voie à une retenue sur traitement, c’est un point sur lequel un contentieux se joue souvent, et il vaut mieux garder la preuve d’envoi (accusé de réception, courriel horodaté, dépôt contre récépissé).
Ce que le décret change au 1er septembre 2026 :
- l’arrêt doit être prescrit sur le formulaire Cerfa sécurisé obligatoire : un simple certificat sur ordonnance ne suffira plus ;
- la télémédecine est expressément autorisée pour les « examens médicaux des agents en congé », y compris depuis le 1er août 2026 pour certaines démarches.
C. La contre-visite et le contrôle médical de l'administration
L’administration conserve, indépendamment du nouveau décret, deux leviers pour vérifier la réalité de l’arrêt :
- la contre-visite par un médecin agréé, qui peut conclure au maintien, à l’aménagement ou à la fin anticipée de l’arrêt ;
- le contrôle administratif de présence au domicile ou au lieu de repos indiqué sur l’arrêt.
Si vous êtes convoqué à une contre-visite ou si un contrôle a lieu, votre position est faible en cas d’absence non justifiée. Prévenez l’administration de tout déplacement (soins, hospitalisation, séjour familial pendant la convalescence) et gardez systématiquement la trace écrite.
III. Ce qui change pour la rémunération pendant l'arrêt
Le décret n° 2026-705 ne remet pas en cause l’architecture plein traitement / demi-traitement, mais il ajuste un point de tension : la rémunération d’un arrêt prolongé.
A. Le plein traitement, le demi-traitement et les évolutions annoncées
La règle qui change concrètement pour un agent public : en cas de prolongation d’un arrêt de travail, la rémunération n’est maintenue que si la prolongation est prescrite par le praticien qui a établi l’arrêt initial. Un changement de médecin en cours d’arrêt, sans motif justifié, peut donc entraîner une suspension de la rémunération pour la période prolongée.
Des exceptions sont prévues, par renvoi aux articles L.162-4-4 et R.162-1-9-1 du Code de la sécurité sociale, à titre d’exemples :
- une indisponibilité du prescripteur initial (congé, cessation d’activité, éloignement géographique) ;
- une raison médicale objective justifiant le recours à un autre praticien (spécialité différente, urgence, prise en charge hospitalière).
C’est un point qui n’existait pas sous cette forme dans le régime antérieur : il faudra documenter le motif du changement de prescripteur, faute de quoi le service gestionnaire pourra opposer la nouvelle règle.
B. Le régime de carence propre à la fonction publique
Pour mémoire, le jour de carence reste applicable au congé de maladie ordinaire depuis 2018 : le premier jour d’un CMO n’est pas rémunéré, sauf hypothèses limitées (arrêt en lien direct avec une pathologie déjà reconnue, prolongation d’un même arrêt, agent enceinte…). Le décret du 29 juillet 2026 ne modifie pas ce régime.
IV. Le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique : à quoi il sert
Le temps partiel thérapeutique (TPT) permet à un agent public de reprendre progressivement son activité après un arrêt, ou dans le cadre d’une rééducation ou d’une réadaptation professionnelle. Ce n’est pas une faveur : c’est un droit encadré par le Code général de la fonction publique, dès lors que l’état de santé le justifie et qu’un médecin l’atteste.
A. Qui peut en demander le bénéfice et à quel moment
Le bénéfice du TPT est ouvert :
- aux fonctionnaires titulaires des trois versants, en activité ;
- aux agents contractuels de droit public, sous conditions d’ancienneté ;
- après un congé pour raisons de santé (CMO, CLM, CLD, congé pour invalidité temporaire imputable au service ou « Citis »), en cas de disponibilité pour raisons de santé, ou dès lors qu’un aménagement du temps de travail est médicalement recommandé pour permettre le maintien dans l’emploi.
La demande est adressée à l’administration avec un certificat médical du médecin traitant précisant la quotité de temps de travail et la durée de l’aménagement souhaité.
B. La durée, le pourcentage d'activité et le renouvellement
Voici la nouvelle mécanique, applicable depuis le 1er août 2026 :
- la durée du TPT reste plafonnée à un an, éventuellement renouvelable dans les conditions statutaires ;
- la quotité d’activité doit se situer entre 50 % et 90 % du temps plein correspondant au grade et à l’emploi ;
- fait nouveau : le TPT est accordé sans périodicité obligatoire d’un à trois mois : l’administration n’est plus contrainte de fractionner sa décision en tranches courtes, la durée peut être fixée en une fois selon les besoins.
Cette souplesse est un vrai progrès pour l’agent : elle évite les « demandes de renouvellement » à répétition et permet un projet de reprise cohérent avec le traitement médical en cours.
C. La rémunération pendant le temps partiel thérapeutique
Pendant un TPT, l’agent perçoit l’intégralité de son traitement, quelle que soit la quotité travaillée. C’est la contrepartie logique de la finalité du dispositif : permettre la reprise sans pénaliser financièrement l’agent. Les primes et indemnités liées à l’exercice effectif des fonctions peuvent, elles, être proratisées selon des règles qui varient d’un versant à l’autre. C’est là qu’il faut être attentif, notamment dans la fonction publique territoriale où les régimes indemnitaires se déclinent par collectivité.
V. Les évolutions annoncées pour le temps partiel thérapeutique
Au-delà du plafond d’un an et de la fin du fractionnement obligatoire, deux nouveautés méritent votre attention si vous êtes agent, employeur public ou représentant du personnel.
A. Les nouveautés à connaître pour les agents publics
Deux garanties nouvelles :
- l’administration doit rendre sa décision dans un délai de 30 jours maximum à compter de la réception de la demande ;
- tout refus doit être motivé, c’est-à-dire adossé à des considérations de fait et de droit précises, ce qui ouvre la voie à un recours plus solide en cas de décision défavorable.
Une exception à l’obligation de délai est prévue pour les demandes formulées après un CLM, un CLD, un Citis ou une disponibilité pour raisons de santé : la décision doit alors intervenir « au plus tard le jour de la reprise du travail ». Autrement dit, elle ne peut pas être laissée en suspens à cheval sur la reprise effective.
B. L'impact pour l'employeur public et l'organisation du service
Côté employeur public, ces règles imposent d’anticiper. Vous êtes cadre RH d’une administration ou dirigeant d’un établissement public ? Trois points à cadrer sans attendre :
- revoir vos procédures internes de traitement des demandes pour tenir le délai de 30 jours ;
- former les cadres de proximité à la motivation des décisions, car un refus mal rédigé se transforme vite en annulation contentieuse ;
- anticiper la gestion du poste pendant le TPT (aménagement d’horaires, redistribution des tâches, avis du médecin du travail), car la durée d’un an peut être accordée en une seule décision.
Votre situation mérite un regard précis.
Refus de temps partiel thérapeutique, contestation d’une décision de contre-visite, retenue sur traitement, prolongation d’arrêt refusée : chacune de ces situations a ses délais et ses recours. Je vérifie avec vous les pièces, les délais et l’opportunité d’un recours administratif ou contentieux.
VI. Les démarches côté agent : monter votre dossier étape par étape
Un dossier bien monté fait souvent la différence entre une décision acceptée sans discussion et une contestation qui s’enlise. Deux moments méritent une attention particulière.
A. Le certificat médical, le volet à transmettre à l'administration
Pour un arrêt de travail à compter du 1er septembre 2026, il faut :
- obtenir un arrêt sur le formulaire Cerfa sécurisé : le formulaire papier libre ou l’ordonnance simple ne suffiront plus ;
- envoyer le volet destiné à l’employeur dans les 48 heures, en conservant la preuve d’envoi ;
- si l’arrêt est prolongé, faire prescrire cette prolongation par le même médecin (sauf motif objectif à documenter par écrit).
Pour un temps partiel thérapeutique, le certificat médical doit préciser la quotité et la durée demandées, et être adressé au service gestionnaire du personnel de votre administration ou de votre établissement. Un salarié épuisé qui envisage un temps partiel thérapeutique gagne à s’informer aussi sur les mécanismes voisins. Vous pouvez lire à ce sujet mon article dédié au burn-out au travail, qui donne des repères concrets.
B. Les délais à respecter et les interlocuteurs à saisir
Les délais à retenir sont courts et se cumulent selon votre situation :
- 48 heures pour transmettre le volet employeur de l’arrêt ;
- 30 jours pour recevoir la décision de l’administration sur un temps partiel thérapeutique ;
- 2 mois pour former un recours gracieux ou hiérarchique après notification d’une décision défavorable.
Vos interlocuteurs internes : le service gestionnaire du personnel, le médecin du travail (ou médecin de prévention), et selon la question, le conseil médical compétent pour votre versant.
VII. Les obligations côté employeur public
La refonte de 2026 renforce plusieurs obligations, avec une exigence de traçabilité et de motivation plus visible qu’auparavant.
A. L'aménagement du poste et le suivi médical
L’employeur public doit :
- examiner sérieusement toute demande de TPT ou d’aménagement, en s’appuyant sur l’avis du médecin du travail ;
- mettre en œuvre les aménagements préconisés (horaires, poste, matériel) lorsqu’ils sont compatibles avec les nécessités du service ;
- documenter par écrit les motifs d’un refus d’aménagement ou d’un refus de TPT : c’est une obligation clairement affirmée par la refonte de 2026.
B. Le retour à temps plein après un temps partiel thérapeutique
Le retour à temps plein s’apprécie en fonction de l’avis médical. Il peut être immédiat au terme de la période fixée, ou faire l’objet d’un nouvel avis médical si l’agent n’est pas encore en mesure de reprendre à temps complet. L’administration prépare ce retour dans un cadre qui sera précisé au 1er janvier 2028 pour les fonctions publiques d’État et territoriale : un dispositif de « préparation à la reprise du travail », dont les modalités précises restent à publier par un texte ultérieur.
VIII. Vos recours si vos droits ne sont pas respectés
Un refus de TPT, une contre-visite contestée, une retenue sur traitement, un différend sur la rémunération d’une prolongation : deux voies existent, dans un ordre qu’il faut respecter pour ne pas se retrouver forclos.
A. Le recours gracieux devant l'administration
C’est le premier réflexe, à exercer dans un délai de deux mois à compter de la notification de la décision. Vous demandez à l’administration qui a pris la décision de la rapporter ou de la modifier. Ce recours a le mérite d’être simple à déclencher (un courrier motivé, en recommandé avec accusé de réception) et il proroge le délai contentieux : un point stratégique quand un dossier a besoin d’être consolidé avant d’aller devant le juge.
B. La saisine du tribunal administratif et les délais à connaître
Si le recours gracieux échoue ou reste sans réponse pendant deux mois (silence valant, en principe, rejet en matière de fonction publique), vous disposez de deux mois pour saisir le tribunal administratif compétent. Ce recours contentieux se prépare avec un dossier de pièces (arrêté, notifications, échanges, certificats médicaux, preuves des démarches) et il vaut mieux, dans les dossiers sensibles, être accompagné. Le tribunal administratif juge en droit et vérifie que la décision est motivée, proportionnée et conforme aux textes : trois axes sur lesquels un avocat sait construire l’argumentaire utile.
IX. Fonction publique et secteur privé : les différences de régime à connaître
Le régime des arrêts et du temps partiel thérapeutique diffère significativement entre secteur privé et fonction publique. Trois écarts structurants méritent d’être connus :
- dans le secteur privé, l’arrêt maladie ouvre droit aux indemnités journalières de la Sécurité sociale, complétées par l’employeur selon la convention collective ; dans la fonction publique, l’agent conserve son traitement statutaire (plein ou demi selon la durée et le régime) et n’est pas assuré au régime général pour les IJSS ;
- la durée maximale des congés maladie est fixée par le Code du travail et la convention collective côté privé ; par le Code général de la fonction publique côté public (CMO, CLM, CLD), avec des plafonds propres ;
- le temps partiel thérapeutique, dans le privé, ouvre droit au maintien d’une indemnité journalière partielle versée par la Sécurité sociale ; dans le public, c’est le plein traitement qui est maintenu quelle que soit la quotité, selon les règles rappelées plus haut.
Ces différences expliquent pourquoi un même événement de santé se traite très différemment selon le statut de l’agent ou du salarié : un dossier ne se copie pas d’un régime à l’autre.
Infographie : le parcours en un coup d'œil
L'essentiel à retenir
Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 refond les règles applicables aux arrêts de travail et au temps partiel thérapeutique dans la fonction publique : l’actualité du 11 août 2026 sur Service-Public.fr en donne la synthèse officielle.
1. Le régime des arrêts distingue trois congés (maladie ordinaire, longue maladie, longue durée), et le décret impose le Cerfa sécurisé, plafonne la première prescription à 31 jours et les prolongations à 62 jours, à compter du 1er septembre 2026.
2. Le temps partiel thérapeutique évolue à compter du 1er août 2026 : décision sous 30 jours maximum, refus obligatoirement motivé, fin de la périodicité obligatoire d’un à trois mois, durée toujours plafonnée à un an.
3. La rémunération d’une prolongation d’arrêt n’est maintenue que si elle est prescrite par le même praticien, sauf indisponibilité ou motif médical objectif à documenter.
4. Chaque situation mérite une analyse individuelle : un avocat en droit du travail vérifie les délais, les pièces à transmettre et la conformité de la décision de l’administration à votre cas.
FAQ : vos questions sur les arrêts et le mi-temps thérapeutique dans la fonction publique
Le décret du 29 juillet 2026 s'applique-t-il aux agents contractuels de droit public ?
Oui, l’intitulé du décret vise « les congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires », ce qui inclut les agents contractuels. Certaines mesures spécifiques restent réservées à la fonction publique de l’État, comme « l’indemnité d’attente » pour les agents en fin de droits maladie. Pour votre situation précise, la vérification de votre statut (titulaire, stagiaire, contractuel) et de votre versant est un préalable indispensable.
Mon arrêt maladie prolongé par un autre médecin sera-t-il rémunéré ?
La règle applicable à compter du 1er septembre 2026 maintient la rémunération de la prolongation uniquement si celle-ci est prescrite par le même praticien que l’arrêt initial. Deux exceptions sont expressément prévues : l’indisponibilité du prescripteur initial et une raison médicale objective (spécialité différente, urgence, prise en charge hospitalière). Dans ces cas, il faut garder une trace écrite du motif.
Puis-je suivre une formation pendant mon congé de maladie ?
C’est l’une des nouveautés du décret : la formation est possible pendant un congé pour raisons de santé, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé. Ce cadre écrit ferme le débat sur les activités autorisées pendant l’arrêt et sécurise l’agent qui souhaite préparer sa reprise.
Combien de temps l'administration a-t-elle pour répondre à une demande de temps partiel thérapeutique ?
Depuis le 1er août 2026, la décision doit intervenir « dans un délai de 30 jours maximum » à compter de la réception de la demande. Exception importante : lorsque la demande fait suite à un CLM, un CLD, un Citis ou une disponibilité pour raisons de santé, la décision doit être notifiée « au plus tard le jour de la reprise du travail ». Tout refus doit être motivé.
Quelle différence entre le mi-temps thérapeutique du privé et celui de la fonction publique ?
Dans le privé, le salarié en mi-temps thérapeutique perçoit son salaire au prorata du temps travaillé, complété par une indemnité journalière partielle versée par la Sécurité sociale. Dans la fonction publique, l’agent conserve l’intégralité de son traitement, quelle que soit la quotité travaillée. Les primes et indemnités liées à l’exercice effectif des fonctions peuvent, elles, être proratisées selon les règles propres à chaque versant.
Sources
- Service-Public.fr, actualité A19030, « Fonction publique : nouvelles règles pour les arrêts de travail et le temps partiel thérapeutique », publiée le 11 août 2026 (synthèse officielle des évolutions applicables aux 1er août et 1er septembre 2026), page consultée le 14 août 2026.
- Légifrance, décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires (texte de référence de la réforme, publié au Journal officiel).
- Légifrance, Code général de la fonction publique, partie relative aux congés pour raisons de santé (congé de maladie ordinaire, congé de longue maladie, congé de longue durée) (cadre légal statutaire des trois régimes cités).
- Service-Public.fr, fiches pratiques sur le congé de maladie ordinaire, le congé de longue maladie et le congé de longue durée dans la fonction publique (durées, régimes de rémunération, procédures), pages consultées le 14 août 2026.
- Légifrance, Code de la sécurité sociale, articles L.162-4-4 et R.162-1-9-1 (exceptions à la règle du même prescripteur pour la prolongation d’un arrêt de travail).
- Légifrance, Code de justice administrative, articles R. 421-1 et suivants (délais de recours contentieux devant le tribunal administratif).
