À retenir
- Depuis le 1er septembre 2026, la loi de financement de la Sécurité sociale plafonne la durée d’une prescription d’arrêt de travail. Les durées exactes du plafond figurent dans le décret d’application, à vérifier au dossier avant tout conseil.
- Le médecin conserve la possibilité de déroger à ce plafond en justifiant sa décision au regard de la situation médicale du patient.
- La règle porte sur la durée d’UNE prescription, pas sur la durée totale possible d’un arrêt : la Sécurité sociale continue d’indemniser jusqu’à 360 jours sur trois ans pour un arrêt classique, jusqu’à trois ans pour une affection de longue durée, et jusqu’à la consolidation pour une maladie professionnelle ou un accident du travail.
- Chaque situation mérite une analyse individuelle : un avocat en droit du travail et de la sécurité sociale vérifie les délais, les recours et les pièces à transmettre.
Vous êtes salarié en arrêt, vous vous demandez si votre médecin pourra encore vous prescrire un arrêt de plusieurs semaines d’un coup. Vous êtes dirigeant d’une TPE ou d’une PME, vous voulez savoir ce que la nouvelle règle change dans la gestion des absences de vos équipes.
Depuis le 1er septembre 2026, une réforme portée par la loi de financement de la Sécurité sociale plafonne la durée d’un arrêt de travail. Une évolution qui bouscule à la fois la pratique médicale et l’organisation du travail.
Je vous propose de faire le point sur ce qui change vraiment : la nouvelle durée maximale d’un arrêt maladie, les exceptions prévues par la loi, ce que la Sécurité sociale continue d’indemniser derrière ces plafonds, et ce que le salarié comme l’employeur doivent faire concrètement. Vous retrouverez toutes les ressources du cabinet depuis la page d’accueil. Chaque situation reste individuelle : cet article donne les repères, pas un pronostic.
I. Arrêt maladie : ce qui change vraiment au 1er septembre 2026
La réforme entrée en vigueur au 1er septembre 2026 vise un objectif que le législateur a assumé publiquement lors des débats du projet de loi de financement de la Sécurité sociale : mieux encadrer les arrêts de travail, tout en préservant la liberté de prescription du médecin en cas de situation médicale qui le justifie.
La lecture rapide qu’en font beaucoup de mes clients est fausse. La réforme ne « limite pas votre arrêt à quelques jours ». Elle plafonne la durée d’UNE prescription unique, c’est-à-dire d’une seule ordonnance d’arrêt de travail. Vous pouvez toujours être arrêté beaucoup plus longtemps ; simplement, votre médecin doit renouveler la prescription plus souvent, ou justifier une dérogation au plafond.
C’est une nuance essentielle. La durée d’indemnisation par l’Assurance Maladie, elle, n’est pas modifiée par cette réforme : les plafonds d’indemnités journalières restent ceux fixés par le Code de la sécurité sociale, que je détaille plus bas.
II. La nouvelle règle expliquée point par point
A. Le nouveau plafond de la primo-prescription
L’article 81 de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 introduit un plafond de 31 jours pour une première prescription d’arrêt de travail délivrée par un professionnel de santé habilité (la « primo-prescription »). Au-delà de ce seuil, votre médecin ne peut plus prescrire un arrêt initial d’un seul tenant sans motiver une dérogation.
Ce que ce plafond change concrètement : la plupart des arrêts initiaux longs, hier délivrés d’emblée pour six à huit semaines, se voient découpés en séquences plus courtes. Je vous invite à vérifier la date d’entrée en vigueur exacte sur votre propre certificat, en la confrontant au texte à jour publié sur Légifrance et à la fiche pratique de Service-Public.fr, régulièrement mise à jour par l’administration.
B. La durée maximale des prolongations
La réforme ne concerne pas uniquement la première ordonnance : elle plafonne aussi la durée d’une prolongation à 62 jours. Autrement dit, un arrêt prolongé au-delà de la primo-prescription reste possible, mais chaque prolongation obéit à cette durée maximale, à moins que le médecin ne motive une dérogation.
Ce fonctionnement change la pratique du médecin traitant : plutôt que de délivrer un arrêt long en une fois, il vous reverra plus fréquemment pour réévaluer votre état de santé et renouveler l’ordonnance si nécessaire. Sur le plan médical, ce cadencement rapproché n’est pas anodin ; il augmente le nombre de consultations et peut allonger votre parcours administratif.
C. Les exceptions et les dérogations médicales prévues
Le législateur a expressément prévu que le médecin peut déroger au plafond lorsque la situation médicale du patient le justifie. C’est un point que je vous invite à discuter avec votre médecin traitant si votre état requiert un arrêt long : la dérogation doit être motivée dans l’ordonnance.
Le texte prévoit une dérogation générale : si la situation médicale du patient le justifie, le médecin peut délivrer un arrêt plus long que 31 ou 62 jours, à condition d’en indiquer expressément la raison sur le formulaire de prescription. Cette motivation médicale n’est pas une formalité vide : elle sera vérifiée en cas de contrôle par le service médical de l’Assurance Maladie.
Certaines catégories d’arrêts obéissent à leur propre régime et gardent leur logique :
- Les arrêts délivrés dans le cadre d’une affection de longue durée (ALD), qui suivent le régime spécifique développé plus bas.
- Les arrêts pour maladie professionnelle ou accident du travail, régis par les articles du Code de la sécurité sociale propres à ces risques.
Chacune de ces catégories garde ses propres règles de durée et d’indemnisation. La nouvelle mesure ne redéfinit pas l’ensemble du régime, elle en modifie un maillon.
D. Ce que la loi de financement de la Sécurité sociale précise vraiment
Il faut lire la mesure pour ce qu’elle est : un plafond sur la durée d’une prescription, doublé d’une possibilité de dérogation médicale motivée. Elle ne raccourcit pas la durée totale possible de votre arrêt. Elle ne modifie pas les plafonds d’indemnisation par la Sécurité sociale. Elle ne supprime pas les régimes particuliers de l’ALD, de la maladie professionnelle ou de l’accident du travail.
Ce que le texte change concrètement, c’est le rythme des consultations de renouvellement et l’obligation, pour le médecin, de motiver toute dérogation au plafond. Le reste du régime (droits, délais, obligations du salarié) demeure régi par les articles du Code de la sécurité sociale et du Code du travail applicables avant la réforme.
III. Combien de temps peut vraiment durer un arrêt maladie aujourd'hui
A. L'arrêt maladie classique et la limite des 360 jours d'indemnités journalières
Pour un arrêt maladie classique (hors ALD, hors maladie professionnelle, hors accident du travail), la Sécurité sociale verse des indemnités journalières dans la limite de 360 jours sur une période de trois ans. Cette règle, issue de l’article L323-1 du Code de la sécurité sociale, n’est pas modifiée par la réforme de septembre 2026.
Concrètement, sur une période glissante de trois années, votre compteur d’indemnités journalières ne peut pas dépasser 360 jours indemnisés. Au-delà, le versement s’interrompt, sauf à basculer dans un autre régime, l’ALD ou l’invalidité, selon votre situation médicale.
Le délai de carence de trois jours reste également en vigueur pour un arrêt classique : les trois premiers jours ne sont pas indemnisés par la Sécurité sociale, sauf application d’une convention collective ou d’un accord d’entreprise plus favorable.
B. L'affection de longue durée : jusqu'à trois ans d'indemnisation
Lorsque la maladie relève d’une affection de longue durée reconnue par l’Assurance Maladie, le régime d’indemnisation change. Les indemnités journalières peuvent être versées jusqu’à trois ans, décomptés de manière continue à partir du premier jour d’arrêt lié à l’ALD.
La reconnaissance d’une ALD n’est pas automatique : elle passe par une demande de votre médecin traitant, validée par le médecin conseil de l’Assurance Maladie. La liste des ALD est fixée réglementairement, et une ALD dite « hors liste » peut également être reconnue pour les pathologies graves nécessitant un traitement prolongé de plus de six mois.
C. L'arrêt pour maladie professionnelle : jusqu'à la consolidation
Un arrêt pour maladie professionnelle ou accident du travail obéit à un régime distinct, plus protecteur pour le salarié. L’indemnisation est versée jusqu’à la consolidation ou la guérison constatée par un certificat médical final, sans plafond de durée fixé à l’avance.
Le régime protège aussi votre emploi : votre contrat de travail est suspendu pendant l’arrêt, et vous bénéficiez d’une protection contre le licenciement pendant toute cette période, sauf faute grave sans lien avec l’accident ou impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident (article L1226-9 du Code du travail).
Votre situation d'arrêt maladie mérite un regard précis. Chaque dossier a ses spécificités : durée déjà consommée, régime applicable, contestation d'un contrôle médical, articulation avec un accord d'entreprise.
J’examine votre situation, je vérifie vos droits sur le texte à jour et je vous indique les délais de recours qui s’appliquent à votre cas.
IV. Ce que le salarié doit faire concrètement dès le premier jour
A. Transmettre l'arrêt à la CPAM et à l'employeur dans les 48 heures
Cette obligation n’a pas changé, et c’est probablement le point le plus important à retenir : vous disposez de 48 heures pour transmettre votre arrêt de travail. Deux destinataires, deux volets du même certificat médical d’arrêt de travail :
- Les volets 1 et 2 sont adressés à votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM), au service médical.
- Le volet 3 est remis à votre employeur.
Le non-respect de ce délai vous expose à une réduction de 50 % des indemnités journalières pour la période comprise entre l’établissement de l’arrêt et sa transmission effective à la caisse (articles R. 321-2 et D. 323-2 du Code de la sécurité sociale). Cette réduction ne joue qu’en cas de second retard dans les vingt-quatre mois suivant un premier avertissement de la caisse. Le manquement peut également entraîner des difficultés avec votre employeur, qui découvre alors votre absence tardivement.
La télétransmission de l’arrêt par votre médecin ne vous dispense pas de prévenir votre employeur : elle règle la partie CPAM, pas la partie contractuelle.
B. Demander une prolongation dans le cadre des nouvelles règles
Avec le plafonnement des primo-prescriptions et des prolongations, vous serez plus souvent amené à consulter pour renouveler votre arrêt. Deux points à connaître pour éviter les mauvaises surprises.
D’abord, la prolongation doit être établie par le médecin qui a prescrit l’arrêt initial ou par votre médecin traitant, sauf impossibilité justifiée (indisponibilité, hospitalisation, spécialiste consulté). Une prolongation délivrée par un autre médecin sans motif valable peut entraîner un refus d’indemnisation.
Ensuite, une prolongation obéit au même délai de transmission de 48 heures que l’arrêt initial. Ne remettez pas à plus tard : chaque jour de retard peut coûter une journée d’indemnités.
V. Vous êtes employeur : ce que vous devez savoir sur cette réforme
Côté entreprise, la réforme change surtout le rythme des avis d’arrêt de travail reçus. Vos équipes déjà en arrêt long vous transmettront des prolongations plus fréquentes ; pensez à en informer votre service RH ou votre gestionnaire de paie pour qu’ils ne perçoivent pas ce rythme accéléré comme une anomalie.
Vos obligations, elles, restent inchangées : vous devez continuer à établir l’attestation de salaire permettant le calcul des indemnités journalières, à respecter les règles de maintien de salaire prévues par la loi (article L1226-1 du Code du travail) ou par votre convention collective, et à préserver le poste du salarié pendant la durée de son arrêt, dans les limites posées par le Code du travail.
Un point de vigilance particulier : la multiplication des prolongations ne modifie ni la protection du salarié contre le licenciement pendant l’arrêt, ni les conditions d’un éventuel licenciement pour inaptitude, qui reste soumis à la procédure spécifique prévue par le Code du travail. Si vous envisagez une action liée à l’absence prolongée d’un salarié, je vous invite à sécuriser la démarche en amont : les motifs recevables sont strictement encadrés par la jurisprudence de la chambre sociale de la Cour de cassation.
Sur les situations à forte charge émotionnelle (arrêts liés à un burn-out, à un conflit ou à des conditions de travail dégradées), j’ai développé une lecture spécifique dans mon article Burn-out au travail : comment un avocat peut vous aider à sortir d’une situation anxiogène, qui complète les repères posés ici.
VI. Vos recours en cas de refus de prolongation ou de contrôle médical
A. Contester une décision du médecin conseil de l'Assurance Maladie
Le médecin conseil de l’Assurance Maladie peut, à l’issue d’un contrôle médical, estimer que votre arrêt n’est plus médicalement justifié et notifier une reprise du travail. Cette décision est susceptible de recours, mais dans des délais courts qui pénalisent le salarié qui les découvre tardivement.
Vous disposez de deux voies principales :
- Une expertise médicale demandée dans le mois qui suit la notification, prévue par les articles L141-1 et suivants du Code de la sécurité sociale.
- Une saisine de la commission médicale de recours amiable pour contester la décision, préalable obligatoire à toute action contentieuse.
Chaque voie a ses propres formes, ses propres délais et ses propres pièces justificatives à produire. Un accompagnement précoce évite la plupart des irrecevabilités que je vois arriver au cabinet.
B. Saisir le pôle social du tribunal judiciaire
Après épuisement du recours amiable, le litige peut être porté devant le pôle social du tribunal judiciaire, la juridiction spécialisée qui a repris depuis 2019 les compétences de l’ancien tribunal des affaires de sécurité sociale (TASS). C’est cette juridiction qui tranchera notamment un désaccord entre vous et l’Assurance Maladie sur la reconnaissance d’un droit aux indemnités journalières.
Le délai de saisine du pôle social est en principe de deux mois à compter de la décision de la commission médicale de recours amiable. La procédure est écrite et technique : produire un dossier médical complet, articuler correctement les moyens de droit, respecter les délais. C’est là qu’un avocat en droit de la sécurité sociale change la nature du dossier.
Infographie : avant et après le 1er septembre 2026
L'essentiel à retenir
La réforme entrée en vigueur le 1er septembre 2026 change la durée d’UNE prescription d’arrêt de travail, pas la durée totale d’indemnisation par la Sécurité sociale : deux logiques qu’il faut distinguer pour ne pas se tromper.
1. Le plafond de la primo-prescription et celui des prolongations sont fixés par le décret d’application publié à la suite de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, avec les dérogations médicales prévues.
2. La durée maximale d’indemnisation par la Sécurité sociale reste inchangée : 360 jours sur trois ans pour un arrêt classique, trois ans pour une affection de longue durée, jusqu’à la consolidation pour une maladie professionnelle.
3. Le salarié doit transmettre l’arrêt à sa caisse et à son employeur dans les 48 heures, sous peine de réduction ou de suspension des indemnités journalières.
4. Chaque situation mérite une analyse individuelle : un avocat en droit du travail vérifie les délais et les recours applicables à votre cas.
FAQ : vos questions sur la durée maximale d'un arrêt maladie
Un arrêt prescrit avant le 1er septembre 2026 est-il concerné par la nouvelle règle ?
Non. Un arrêt de travail délivré avant l’entrée en vigueur de la mesure reste régi par les règles applicables à la date de sa prescription. C’est une prolongation établie après le 1er septembre 2026 qui, elle, obéit au nouveau cadre. Si votre arrêt initial court depuis plusieurs mois, la prolongation suivante sera votre premier contact avec la nouvelle règle : je vous invite à en parler à votre médecin traitant avant la consultation.
Que se passe-t-il si mon médecin dépasse la durée plafond sans justification ?
Le texte permet au médecin de déroger au plafond en justifiant sa décision au regard de la situation médicale du patient. Une prescription au-delà du plafond sans motivation médicale expose votre arrêt à un contrôle plus étroit de l’Assurance Maladie, avec le risque d’un refus d’indemnisation pour la période excédant le plafond. Si vous êtes dans cette situation, ne restez pas seul face à la notification : les délais de recours sont courts.
Puis-je toucher mes indemnités journalières au-delà de 360 jours d'arrêt ?
Pour un arrêt maladie classique, la limite des 360 jours sur trois ans est un plafond dur. Au-delà, l’indemnisation par la Sécurité sociale s’interrompt. Vous pouvez alors basculer, selon votre situation médicale, dans le régime de l’affection de longue durée (jusqu’à trois ans d’indemnisation) ou faire une demande de pension d’invalidité. Chaque bascule a ses conditions et ses délais ; un avocat en sécurité sociale sécurise la démarche.
Mon employeur peut-il rompre mon contrat pendant un arrêt de longue durée ?
Un arrêt maladie suspend l’exécution du contrat, pas la protection du salarié. Votre employeur ne peut pas vous licencier en raison de votre état de santé (article L1132-1 du Code du travail : principe de non-discrimination). Il ne peut vous licencier pendant l’arrêt que pour un motif étranger à la maladie (faute grave, impossibilité de maintenir le contrat pour un motif objectif indépendant de l’état de santé), motif encadré par la jurisprudence de la chambre sociale de la Cour de cassation. Après un arrêt long, la procédure d’inaptitude, distincte, obéit à ses propres règles.
Sources
- Légifrance, Code de la sécurité sociale (articles L323-1 et suivants, R323-1 et suivants) et Code du travail (articles L1132-1, L1226-1, L1226-9), ainsi que la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 et son décret d’application (base légale de l’article).
- Service-Public.fr, fiche pratique F3053, arrêt de travail pour maladie du salarié (durées d’indemnisation, délais de transmission, obligations du salarié), page consultée le 2 septembre 2026.
- Ameli (Assurance Maladie), dossier « Arrêt de travail supérieur à 6 mois » (régime d’indemnisation, ALD, contrôle médical), page consultée le 2 septembre 2026.
